குடலின் மேற்பரப்பில் உள்ள மியூகோஸா படலம் என்ற சவ்வு நாள்பட்ட, எரிச்சல் உண்டாக்கும் அதிக அமில சுரப்பினால் பாதிக்கப்பட்டு சிதைந்து விடும். அதிக அமில சுரப்பு மற்றும் பெப்சின் (ஜீரண என்சைம்) சுரப்பினாலும், காரமான மசாலா மற்றும் பொரித்த உணவுகளாலும் புண்கள் தோன்றும். வயிற்று லைனிங்கில் ஓட்டை ஏற்பட்டு புண்கள் உருவாகும்.
முக்கிய காரணம் அவசரம், டென்ஷன், பதற்றம், கவலை, பொறாமை, காரசாரமான உணவு, மசாலா அதிக அமிலத்தை சுரக்க வைத்து, புண்களை உண்டாக்கும். வயிற்று அல்சர்களை தோற்றுவிக்கும் இன்னொரு முக்கிய காரணம் Helicobacterpylori (ஹெலிகோபேக்டர் பைலோரி) என்ற ஒரு வகை பாக்டீரியா.
இந்த பாக்டீரியா அசுத்தமான சூழ்நிலை, குடிநீர், உணவுப்பொருட்களால் பரவுகிறது. வயிற்றில் அமிலத்தை நீர்க்க வைத்து, கேஸ்ட்ரைடீஸ் எனும் வீக்கத்தை உண்டாக்கி, நாளடைவில் இந்த கேஸ்ட்ரைடீஸ், அல்சராக மாற இந்த எச்.பைலோரி கிருமிகள் உதவுகின்றன. அதிக அளவு மது அருந்துதல், புகைபிடித்தல், தவறான உணவுப்பழக்கங்கள், நேரம் காலமின்றி உண்பது, அசுத்தமான பழக்கங்கள், கைகழுவாமல் உணவு உண்பது, நகத்தை கடிப்பது, அதிக டீ, காபி குடிப்பது. ஆஸ்பிரின் போன்ற மருந்துகள். ஸ்ட்ரெஸ், டென்ஷன், மனபரபரப்பு, அடிக்கடி உணர்ச்சி வசப்படுதல். இவற்றை தவிர்த்தால், வயிற்றில் புண் ஏற்படுவதை தவிர்க்கலாம்.